Sistem pembelajaran yang laksanakan adalah menggunakan konsep keberbakatan, santri/siswa belajar sesuai minat dan bakatnya.
➢ Santri/siswa yang memiliki bakat menghafal Al-Qur’an akan dibimbing dan dikarantina khusus serta fokus belajar Al-Qur’an. Prosentasenya 75 % belajar Al-Qur’an, 15 % Akademik (umum) dan 10 % ketrampilan (ekskul) sehingga santri/siswa dapat mencapai target hafalannya.
➢ Santri/siswa yang memiliki bakat dibidang Akademik akan dibimbing akademiknya secara maksimal. Prosentase belajar 75% akademik (umum), belajar Alqur’an 15 % dan 10 % ketrampilan (ekskul).
➢ Santri/siswa yang memiliki bakat dibidang ketrampilan seni atau olah raga akan dibimbing khusus mencapai prestasinya. Belajar akan difokuskan pada ketrampilan yang dimiliki, dengan prosentase 75% ketrampilan dibidangnya, 15 % belajar Al-Qur’an dan 10 % belajar akademiknya.
PROGRAM UNGGULAN Program Unggulan yang dimiliki antara lain :
1. Program Kepesantrenan :
a. Tahfidzul Qur’an 30 Juz
b. Baca kitab kuning
c. Muhadhoroh 3 bahasa (Bahasa Arab, Inggris dan Indonesia)
d. Baca Tulis Al Qur’an metode Wafa
e. Arabic Practice dan Muhadasah
f. Kajian Senin – Kamis menjelang berbuka
g. Golden Habit (pembiasaan) meliputi : Muraja’ah, mufrodhat, shalat jama’ah wajib lima waktu, shalat rawatif, shalat dhuha, shalat tahajjud, puasa Senin-Kamis,
2. Program Akademik :
a. Bimbingan belajar semua mapel Ujian Sekolah
b. Klinik Akademik (Bimbingan Olimpiade IPA, Matematika)
c. Bimbingan intensif bahasa (Arab dan Inggris)
Program Boarding School atau yang dikenal MBS (Muhammadiyah Boarding School) merupakan program pendidikan dengan mengasramakan/mempondok pesantrenkan siswa/santrinya. Siswa/santri wajib tinggal dan bermukim di asrama/pondok pesantren selama 24 jam dibimbing para guru atau ustadz yang berkopenten untuk mempelajari ilmu umum dan ilmu agama. Progam Muhammadiyah Boarding School (MBS) ini dibuka sejak Tahun Pelajaran 2018/2019, yang merupakan program unggulan sekolah.
Program Non Boarding melaksanakan pembelajaran Full Day School yang merupakan program pendidikan yang dijalankan sehari penuh mulai pukul 07.30 – 15.00. Kegiatan Belajar Mengajar (KBM) dilaksanakan setiap hari Senin – Sabtu, dalam satu hari KBM sudah meliputi mata pelajaran umum dan mata pelajaran keagamaan.